Anfang des 19. Jh.s entstanden in Deutschland die ersten – durchwegs evangelischen – akademischen Institute für Kirchenmusik des deutschsprachigen Raumes: das Akademische Institut für Kirchenmusik in Breslau (Wrocław/PL) (1810), das Institut für Kirchenmusik und Gesang an der Univ. Königsberg (Kalinigrad/RUS) (1810) und das Königliche Akademische Institut für Kirchenmusik in Berlin (1822). Die erste kircheneigene katholische K. ging 1874 in Regensburg/D als Schulinstitut aus dem 1868 von Franz Xaver Witt gegründeten Allgemeinen Deutschen Cäcilienverein (Cäcilianismus) hervor.

Im Bereich der katholischen Habsburgermonarchie fand die institutionalisierte kirchenmusikalische Ausbildung – ebenso wie der sonstige musikalische Unterricht – bis ins frühe 20. Jh. ausschließlich in privatem Rahmen bzw. in Lehranstalten, die von privaten Vereinen organisiert wurden, statt. Da die Lehrer in den Dörfern und den kleineren Städten häufig die einzigen Förderer der Musik in Gesellschaft, Haus und Kirche waren, legte die Schulbehörde – und damit der Staat – zwar zunehmend Wert auf ihre musikalischen Kenntnisse, wollte aber – im Gegensatz zu Deutschland – keinen Beitrag zu ihrer Ausbildung leisten. Die Genehmigung der Behörde zur Eröffnung des privaten Konservatoriums der Gesellschaft der Musikfreunde des österreichischen Kaiserstaates in Wien (1817) erfolgte zwar unter der Bedingung, dass besondere Rücksicht auf die Kirchenmusik zu legen sei; allerdings beschränkte sich die Ausbildung auf das Hospitieren der Präparanden der k. k. Normalschule zu St. Anna (also der Lehrerbildungsanstalt) im Gesangsunterricht und in den Instrumentalklassen des Konservatoriums. Eine kirchenmusikalische Ausbildung fand nicht statt.

Als erster Vorläufer einer geregelten kirchenmusikalischen Ausbildung in der Monarchie gilt die Eröffnung einer Orgelschule 1830 in Prag durch den Verein der Kunstfreunde für Kirchenmusik in Böhmen, die 1889 mit dem 1811 gegründeten Prager Konservatorium vereint wurde. 1840 folgte in Wien eine vom Verein zur Beförderung echter Kirchenmusik gegründete Lehranstalt, die ihre Wurzeln im Jahr 1828 hatte und im Umfeld der Normalschule zu St. Anna einen kirchenmusikalischen Lehrbetrieb von zentraler Bedeutung etablieren konnte. Als Nachfolgeinstitution entstanden 1871 die Schule des Wiener Cäcilien-Vereins und ab 1881 als Konkurrenz die Schule des St.-Ambrosius-Vereins aus der allerdings zumeist Gesangsschüler – und kaum Kirchenmusiker – hervorgingen. 1906 wurden die rivalisierenden Vereine im Allgemeinen Kirchenmusik-Verein und deren Schulen als Lehranstalt für kirchliche Tonkunst zusammengeführt, die vom Unterrichtsministerium eine kleine Subvention erhielt. Doch diese wenigen Ausbildungsmöglichkeiten reichten keineswegs aus, um den Bedarf an entsprechend ausgebildeten Kirchenmusikern zu decken. Der früheste Versuch einer staatlich organisierten akademischen kirchenmusikalischen Ausbildung in der Habsburgermonarchie ging 1875 von F. Liszt aus, der in Budapest im Rahmen der neu zu gründenden MAkad. eine Abteilung für Kirchenmusik errichten wollte, doch kam es erst 1926 dazu.

Den unmittelbaren Anstoß zur Errichtung der ersten staatlichen höheren kirchenmusikalischen Ausbildung im Bereich des heutigen Österreich gab der III. Kongress der Internationalen Musikgesellschaft in Wien 1909 unter Berufung auf das Motu proprio Inter pastoralis officiis von 1903, in dem Papst Pius X. die Errichtung von kirchenmusikalischen Lehranstalten gefordert hatte. Diese sollten nicht allein akademische Berufsschulen sein, sondern vielmehr „über den technisch-schulischen Betrieb zu einer stilbildenden und stilformenden ‚Schola‘ im musikgeschichtlichen Sinn“ hinausgehen und einen „Kraftquell“ bilden, „der ständig neue Impulse und Anregungen auszustrahlen“ vermochte. Eine Resolution des Kongresses forderte die Errichtung von Lehrstühlen für wissenschaftliche bzw. praktische Kirchenmusik an den Hsch.n. Unter Mitarbeit des Propstes des Stiftes Klosterneuburg wurde 1910 an der (1909 verstaatlichten) k. k. Akademie (vormals Konservatorium) für Musik und darstellende Kunst in Wien eine kirchenmusikalische Abteilung in Räumlichkeiten des Stiftes Klosterneuburg errichtet. Damit entstand in Österreich im Rahmen eines zweijährigen Lehrgangs die erste staatlich geregelte kirchenmusikalische Ausbildung zum akademischen Regens chori (Chordirektor, Domkapellmeister), Organist bzw. Chorsänger (Kantor), die an kirchlichen Seminarien hauptberuflich wirken sollten. Der erste Leiter, V. Goller, nahm Kontakt mit anderen höheren K. auf und verstand es, eine Reihe Gleichgesinnter zu engagieren und zu einer geistigen Vereinigung, der Schola Austriaca, zusammenzuschließen. Die Unterbringung der Abteilung im Stift Klosterneuburg gewährleistete eine stete Verbindung mit dem Kirchendienst – eine wichtige Voraussetzung für die praktische Ausbildung eines Kirchenmusikers. Allerdings musste die Abteilung 1924 nach Wien verlegt werden.

1933 wurde die Abteilung für Kirchenmusik und das Musikpädagogische Seminar in einer Abteilung für Kirchen- und Schulmusik vereint, zwecks „Heranbildung tüchtiger, praktischer Musiker [...] die befähigt sind, in Kirche, Schule und Hause als berufene musikalische Führer des Volkes zu wirken“. 1938 wurde die Musikerziehung ausgegliedert und die Abteilung für Kirchenmusik – um die evangelische Kirchenmusik ergänzt – weitergeführt. 1945 wurden die Abteilungen für Kirchenmusik und für Musikerziehung abermals zusammengeführt, 1947 aber endgültig getrennt. 1945 entstanden am Mozarteum in Salzburg und 1963 an der Grazer MAkad. Abteilungen für Kirchenmusik, mit einer Grazer Zweigstelle für evangelische Kirchenmusik in Oberschützen/Bl.

1986 wurden an den österreichischen MHsch.en neue Studienpläne nach dem Kunsthochschulstudiengesetz (KHStG) erlassen, die eine Zweiteilung des Studiums nach sich zogen. Absolventen des (vierjährigen) ersten Studienabschnittes waren berechtigt, die Berufsbezeichnung „Akademisch geprüfter Kirchenmusiker“ zu führen, der zweite (zweijährige) Studienabschnitt sah die Spezialisierung auf „Chorleitung und Kantorenausbildung“ bzw. „Orgel“ vor und schloss mit dem Diplom ab.

Parallel zur akademischen Ausbildung entstanden in fast allen österreichischen Diözesen K., in denen aber der Unterricht uneinheitlich war: er glich eher einem locker organisierten Privatunterricht als einem geregelten Studium und unterschied sich von Diözese zu Diözese. Weiters gab es kirchenmusikalischen Unterricht im Rahmen der späteren Landeskonservatorien.

1977 wurden die Ausbildungs- und Prüfungsinhalte von der Arbeitsgemeinschaft für Kirchenmusik der österreichischen Diözesen gesamtösterreichisch geregelt. 1979 entstand als Nachfolger der 1939 von F. Kosch gegründeten Diözesankommission für Kirchenmusik das Erzbischöfliche Amt für Kirchenmusik der Erzdiözese Wien, dem es kurz darauf gelang, das Wiener Diözesankonservatorium für Kirchenmusik ins Leben zu rufen, die aus der 1961 errichteten diözesanen Kirchenmusikschule hervorging (Lehrer: F. Kosch, A. Bamer, J. Schabaßer). Den Lehrbetrieb nahm das Konservatorium mit dem Schuljahr 1980/81 auf (1. Leiter: W. Sengstschmid), 1982 erhielt die Schule das Öffentlichkeitsrecht. Ziel der Ausbildung ist die Erlangung des C- bzw. B-Diploms (Grund- bzw. mittlere Ausbildung, beide Jahrgänge dauern zwei Jahre) für Kirchenmusikerinnen und Kirchenmusiker, das zur bezahlten Ausübung eines nebenamtlichen Berufes berechtigt (Absolventen der MHsch.en erhalten das A-Diplom). In der Folge wurden Diözesankonservatorien in Graz-Seckau (1989), St. Pölten (1991) und Linz (1992) eröffnet.

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