C. Ph. E. gilt als derjenige Angehörige der Familie B., der die größte Wirkung auf die Wiener Klassik, besonders auf J. Haydn, ausgeübt hat. Von Haydn, der um 1750 ein intensives Studium „der ersten sechs Sonaten“ (also der Preußischen oder der Württembergischen Sonaten) und nach 1753 des Versuchs betrieb, sind zahlreiche Äußerungen überliefert, in denen er seiner großen Verehrung für B. Ausdruck verleiht, v. a. aber B. entscheidenden Einfluss auf seine Entwicklung attestiert. Bei W. A. Mozart, der sich respektvoll über B. geäußert haben soll, ist von einer frühen Kenntnisnahme des Versuchs (dem auch eine gewisse Vorbildfunktion für L. Mozarts Versuch einer gründlichen Violinschule zukommt) und einzelner Klavierwerke auszugehen (das Charakterstück La Boehmer Wq 117/26 wurde von Mozart für das Finale des „Pasticcio“-Klavierkonzerts KV 40 herangezogen); vermittelt durch v. Swieten, erfolgte jedenfalls in den frühen 1780er Jahren nochmals eine nähere Auseinandersetzung mit B.s Musik. Auch Beethoven ist – durch seinen Bonner Lehrer Christian Gottlob Neefe, einem B.-Verehrer – schon in seiner Jugend mit Werken B.s in Berührung gekommen. Mit der Verwendung des Versuchs im Unterricht folgte er dem Vorbild Neefes. Von Beethoven sind überdies Abschriften einiger Stücke B.s erhalten, 1809/10 ersuchte er Breitkopf & Härtel um Übersendung der (von ihm als vorbildhaft angesehenen) Werke B.s.
Wenngleich also feststehen dürfte, dass B.s Schaffen zu den frühen Erfahrungen der Wiener Klassiker zählt, divergieren in der Musikgeschichtsschreibung die Ansichten über Art und Umfang seiner Wirkung, abhängig u. a. von der jeweiligen Konstruktion der „Herkunft“ der Wiener Klassik oder der jeweils zugrunde liegenden theoretischen Konzeption der Kategorie „Einfluss“.
In der Literatur wurde hingewiesen auf: melodische Beziehungen; die konkrete Abhängigkeit einzelner Kompositionen von B.schen Modellen (insbesondere lässt sich ein Zusammenhang herstellen zwischen Haydns Klaviersonate Hob. XVI:18 und der Klaviersonate Wq 50/5; Beethovens Sonate op. 2/1 und der Sonate Wq 57/6; der Gellert-Vertonung op. 48/1 Beethovens und jener B.s, Wq 194/4); die Übernahme bestimmter stilistischer Besonderheiten B.s (etwa die Integration rezitativischer Episoden in Instrumentalsätze, bei Beethoven z. B. in der Klaviersonate op. 31/2 und im 4. Klavierkonzert). Was grundsätzliche kompositorische Ansätze betrifft, ist B.s Tendenz zu thematischer Vereinheitlichung als eine Wurzel der motivisch-thematischen Arbeit der Klassik und die Wirkung von B.s Konzept der Freien Fantasie auf Mozart (Fantasien KV 396, 397, 475) und auf Beethoven (Klaviersonaten op. 106 und 110) diskutiert worden.
Für Haydn hatte B. neueren Untersuchungen zufolge nicht primär die Bedeutung eines direkt imitierten Vorbilds; vielmehr diente B.s Werk in bestimmten Problemlagen, die Haydns kompositorische Entwicklung hervorbrachte, aufgrund einer Affinität des musikalischen Denkens als Mittel der Anregung und Bestätigung. In diesem Sinn war B.s Musiksprache ein entscheidender Faktor für Haydns „experimentelle“ Kompositionen um 1770 mit deren Neigung zu kontrastreichen Abläufen, rhetorischem Gestus bzw. dramatisch aufgeladenem Tonfall.
Das Verhältnis zwischen Haydn und B. war von gegenseitiger Wertschätzung geprägt. Insbesondere ist die positive Reaktion B.s auf die 1782/83 in Hamburg gespielten Streichquartette op. 33 überliefert. Gewisse Auswirkungen der Kenntnis Haydnscher Werke im Spätschaffen B.s wurden konstatiert, insbesondere in den Quartetten Wq 93–95, die mit der Beteiligung aller Instrumente an der Präsentation des thematischen Materials und einer stärkeren Durchbildung der Begleitstimmen Züge des „klassischen Stils“ aufweisen.
Noch zu Beginn des 19. Jh.s lassen sich einzelne Aufführungen von Werken B.s in Wien nachweisen (u. a. Morgengesang am Schöpfungsfest Wq 239 vor 1817 in den Hauskonzerten Kiesewetters; Die Israeliten in der Wüste um 1820 in den Hauskonzerten Josef Hohenadels; vermutlich Leite mich nach deinem Willen Wq 227 1827 in den Concerts spirituels). Allerdings schmälerte sich B.s Ruhm in dem Maße, in dem das Ansehen seines Vaters wuchs und die Vorstellung einer „Wiener Klassik“ sich etablierte, also der Kanon der „großen Meisterwerke“ ausgebildet wurde. B.s Kompositionen wurden zunehmend aus dem Musikleben verdrängt. Interesse an B. und Einsicht in dessen Bedeutung bekundeten J. Brahms und H. Schenker, die Editionen von Violinsonaten bzw. Klavierwerken vorlegten und damit zur „Wiederentdeckung“ B.s durch die historische Musikwissenschaft seit der 2. Hälfte des 19. Jh.s beitrugen.
H. Jalowetz in SIMG 12 (1910/11); R. Oppel in ZfMw 5 (1922/23); E. F. Schmid in ZfMw 14 (1931/32); E. Flinsch in Musik im Unterricht 50 (1959); A. Holschneider in MozartJb 1968/70; H.-G. Ottenberg, C. Ph. E. B. 1982; E. Derr in MQ 70 (1984); K. Geiringer in ÖMZ 43 (1988); H. Deppert in MuK 59 (1989); Ch. Wolff/H. Krones in H. J. Marx (Hg.), C. Ph. E. B. und die europäische Musikkultur des mittleren 18. Jh.s 1990; R. Flotzinger in I. Fuchs (Hg.), [Kgr.-Ber.] J. S. Bach Wien 1985, 1992; U. Leisinger, Joseph Haydn und die Entwicklung des klassischen Klavierstils bis ca. 1785 , 1994; F. Celestini, Die frühen Klaviersonaten Josef Haydns , Diss. Graz 1998; L. Finscher, Joseph Haydn und seine Zeit 2000; H. Krones in I. Fuchs (Hg.), Fs. Otto Biba zum 60. Geburtstag 2006.