In die Zeit der Stadterhebung fällt die Einrichtung einer Lateinschule als Nachfolgeinstitution der schon für 1295 bezeugten Pfarrschule; 1336 wird erstmals ein Schulmeister von M. genannt („magister Wigand, scholasticus in Merano“). Die Schule sorgte nicht nur für die Unterweisung in der Musik, sie stellte auch die Träger der Kirchenmusikpflege an der Pfarrkirche St. Nikolaus (um 1270 erstmals urkundlich erwähnt), einer Filialkirche von Dorf Tirol. Aus dem Jahr 1396 stammt die früheste Nachricht über einen Organisten an der Pfarrkirche; demnach bestand schon im 14. Jh. eine Orgel. 1593 wurde die Pfarrkirchenorgel von G. Gemelich aus Gunzenheim bei Donauwörth/D und Z. Sagittarius restauriert. In der M.er Kirchenordnung aus dem Jahr 1559 werden als Verantwortliche für die Musik ein Organist, der lateinische Schulmeister als „Choralist“ und die Schulknaben genannt.

Im 17. Jh. wurde der Kirchenmusik-Apparat an der Pfarrkirche im Zuge des Aufschwungs der Figuralmusik beträchtlich erweitert. Waren 1648 vier Musiker fest an St. Nikolaus angestellt, so werden in der Chorordnung von 1694 bereits zehn Pfarrmusiker (Sänger und Instrumentalisten) aufgelistet; zu besonderen Gelegenheiten wurde das Ensemble durch externe Musiker (Stadtgeiger, Musiker anderer Kirchen M.s und der Umgebung) erweitert. Um 1671 baute der berühmte Innsbrucker Hoforgelmacher D. Herz eine neue Orgel für die Stadtpfarrkirche. Ein Inventar, das unter Lateinschulmeister und Chorregent Nikolaus Faber 1682 angelegt wurde, nennt folgende Instrumente in Besitz des M.er Pfarrchores: 6 Violinen, 2 Bratschen, eine Gambe, 2 Violonen, ein Fagott, einen Zink, 4 Trompeten, 2 Posaunen, eine große und eine kleine Trommel sowie drei Trumscheite. 1674 war ein „Violonzell de Basset“ von J. Stainer angekauft worden, 1678 hatte der berühmte Absamer Geigenbauer vom M.er Kirchprobst den Auftrag zum Bau einer Gambe erhalten. Das Inventar von 1682 gibt auch Auskunft über das am M.er Pfarrchor gepflegte, äußerst breit gefächerte Repertoire, neben einigen Werken der klassischen Vokalpolyphonie v. a. aktuelle mehrchörige oder klein besetzte konzertierende Werke. Es handelt sich primär um Drucke italienischer (vorrangig venezianischer) und süddeutsch-österreichischer Komponisten. Weitere Aufstellungen aus den Jahren 1696, 1723 und 1826 belegen nicht nur den Wandel des Repertoires, sondern auch des Instrumentariums: 1723 wird z. B. „Ein Neues paar Jäger-horn v. Wienn“ erwähnt, während die Trumscheite als „unbrauchbar“ bezeichnet werden. 1786 wurde die Herz-Orgel durch ein Instrument von A. (II) Fuchs ersetzt.

Im 19. Jh. wurde der M.er Pfarrchor zeitweilig von bedeutenden Tiroler Musikerpersönlichkeiten geleitet. Von 1820 bis zu seinem Tod 1832 wirkte der ehemalige Marienberger Benediktiner und zeitweilige Domorganist in Trient P. M. Stecher, ein bedeutender Komponist, als Chorregent an der M.er Stadtpfarrkirche; von 1849 bis zu seinem Tod 1882 versah St. Stocker dieses Amt. Unter seinem Nachfolger D. Sailer gelangten die Ideen des Cäcilianismus in M. zum vollen Durchbruch. Unter den Chorleitern des 20. Jh.s trat Alois Baurschafter (1888–1955) auch als Komponist hervor. Die reiche musikalische Tradition des M.er Pfarrchores findet in der Gegenwart (2004) unter der Leitung von Josef Oberhuber ihre Fortsetzung. Die pneumatische Orgel, die die Gebrüder Mayer (Feldkirch/V) 1906 errichteten, wurde 1973 durch ein mechanisches Instrument der niederösterreichischen Fa. Hradetzky ersetzt (restauriert 1998).

Außer der Pfarrkirche existierten und existieren in M. weitere musikgeschichtlich bedeutsame Kirchen und Klöster, z. B. die Spitals- oder Heiliggeistkirche und die evangelische Kirche sowie die Klöster der Klarissen (1309–1786) und Kapuziner (gegr. 1616). Die künstlerisch sehr bedeutenden bemalten Orgelflügel der 1515/16 vom Augustiner-Chorherren Bartlme Lenntzl erbauten Orgel der Heiliggeistkirche sind die ältesten erhaltenen Zeugnisse des Orgelbaus in Tirol. Die erste Orgel der Klosterkirche der Klarissen wurde 1603 errichtet; 1647 baute Carlo Prati für das Kloster ein Instrument. Auf der Orgel der Firma Steinmeyer in der evangelischen Christuskirche (1885, restauriert 1999) werden regelmäßig Konzerte gespielt.

Am 1724/25 gegründeten, von Marienberger Benediktinern betreuten Gymnasium, das mit zwei Unterbrechungen bis 1986 bestand, lehrten u. a. M. Stecher und der bedeutende Kirchenkomponist P. M. Ortwein; 1902–10 besuchte J. Lechthaler das Benediktinergymnasium und erhielt von Ortwein Musikunterricht. Neben einer MSch. besteht in M. seit 1982 eine vom Verband der Kirchenchöre Südtirols und dem Südtiroler Sängerbund gemeinsam getragene „Schule für Kirchenmusik und Chorleitung“.

Die Anfänge des Blasmusikwesens in M. sind nicht dokumentiert. 1822 wird erstmals eine „türkische Musik“ aus M. erwähnt, die beim „großen kayserlichen Freyschießen“ in Innsbruck in Erscheinung trat und mit 2 Trompeten, 2 Hörnern, 5 Klarinetten, 1 Piccoloflöte, 2 Fagotten, Becken, Schellenkranz sowie großer und kleiner Trommel besetzt war. 1836 wurde eine „Musik-Banda“ gegründet, die v. a. bei Bällen spielte und bereits zehn Jahre später aufgelöst wurde; 1848 wurde die seit längerem bestehende M.er Schützenmusik in eine Gardekapelle umgewandelt; unter den Kapellmeistern Kalpac und J. Grissemann entwickelte sich dieses Ensemble zur „Bürgerkapelle“ bzw. „M.er Musikkapelle“. Sie festigte ihren Ruf als hervorragende Blasmusikkapelle durch ausgedehnte Konzertreisen. In zwei Neugründungen des frühen 20. Jh.s, der Reservistenkapelle (1909–19) und der Vereinskapelle (1913 bzw. 1919), erwuchs der Bürgerkapelle Konkurrenz. Unter dem Druck des faschistischen Regimes wurde die Bürgerkapelle 1933 zur „Bürgerkapelle des Dopolavoro von Merano“, die Vereinskapelle 1946 zur M.er Pfarrkapelle umgewandelt. Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde nur die Vereinskapelle fortgeführt und zur Stadtkapelle umfunktioniert, ehe auch sie 1971 aufgelöst wurde. Die einzigen verbliebenen Blasmusikformationen der Stadt waren die Kapellen der 1923 eingemeindeten Orte Ober- und Untermais, Gratsch und Hafling. 1996 kam es zur Neugründung einer M.er Stadtkapelle unter Kapellmeister Georg Gögele.

M.s Bedeutung als Kurstadt (Kur und Sommerfrische) war eng mit dem Kurorchester verbunden, das 1855 als Ensemble von Laienmusikern gegründet wurde; seit 1866 wurden Berufsmusiker engagiert. Zur Kursaison hatte das Orchester täglich drei Konzerte zu spielen, davon eines mit volkstümlichem Repertoire. Das M.er Kurorchester erwarb sich einen ausgezeichneten Ruf; bedeutende Künstler fungierten als Gastdirigenten (u. a. Max Reger, R. Strauss, E. Kálmán), zumeist im Rahmen von Kuraufenthalten. M. war insbesondere in der 1. Hälfte des 20. Jh.s ein Anziehungspunkt für bedeutende Persönlichkeiten, darunter auch zahlreiche Komponisten und Dirigenten (neben den genannten z. B. Béla Bartók, G. Puccini und Paul Hindemith). Das Kurorchester existiert bis heute und konzertiert in der Saison zweimal täglich unter der Leitung von Richard Sigmund.

Das Chorwesen in M. zeigt ein vielfältiges Erscheinungsbild mit mehreren Kirchenchören (neben dem Pfarrchor u. a. Kirchenchor „Mariä Himmelfahrt“ und Kirchenchor der Evangelischen Gemeinde), Männergesangverein, Schul- und Jugendchören sowie Spezialensembles.

Seit 1922 wurden am 1900 eröffneten M.er Stadttheater regelmäßig Opern und Operetten aufgeführt, u. a. von Engelbert Humperdinck, F. Lehár und L. Fall. Nach dem Zweiten Weltkrieg verfiel diese Spielstätte; seit der Renovierung 1977 wird das Haus wieder für das Musiktheater genutzt.

Seit 1986 finden alljährlich im Spätsommer die M.er Musikwochen mit Beteiligung international renommierter Ensembles statt; das Festival setzt die Tradition der M.er Musiktage der 1920er und 30er Jahre in die Gegenwart fort. Im Jahr 1992 wurde MERANOFEST begründet, ein Sommerfestival mit einer Klavierakademie, Meisterklassen, Konzerten und einem Klavierwettbewerb. 1993 wurde auf Initiative von R. Sigmund der Chor- und Konzertverein ins Leben gerufen, der regelmäßig große Chorwerke, Operetten und Musicals zur Aufführung bringt. Als Forum für junge Sängerinnen und Sänger hat sich das 1995 gegründete Internationale Opernstudio M. etabliert, dessen Teilnehmer im seit 1996 stattfindenden Gesangswettbewerb „Debüt in M.“ ermittelt werden. Der Verein Musik M. veranstaltet u. a. Konzerte mit geistlicher Musik in der Pfarrkirche.

Die Landesfürstliche Burg beherbergt eine Musikinstrumentensammlung von internationalem Rang; sie umfasst u. a. wertvolle Blasinstrumente aus der Renaissance (Krummhörner, Flöten).

Zu den bedeutendsten aus M. stammenden Komponisten N. Madlseder und Rochus Dedler, Chorleiter und Organist in Oberammergau/D (1779–1822).