Für die Erforschung der mittelalterlichen Musik ist in erster Linie das Skriptorium wichtig. Seine kontinuierliche Entwicklung ist aber aufgrund fehlender Quellen nicht nachweisbar. Ab dem 3. Viertel des 9. Jh.s sind v. a. Fragmente überliefert. Ursache dafür dürfte sein, dass die Bibliothek häufig zerstört wurde, so 1364 nach einem Brand. Berühmte romanische Handschriften sind aus dem 11. Jh. ein Evangeliar (München, Bayerische Staatsbibliothek clm 8272); aus dem 12. Jh. eine Bibel (Man. perg. 1) und ein Brevier (clm 8271), die unter Abt Walther (1161–90) entstanden sind. Das römische Breviarium Man. perg. 6 mit deutschen Neumen, die älteste bekannte neumierte Handschrift aus der engeren Umgebung Salzburgs (Salzburger Dom oder Kollegiatsstift Mattsee?) aus der 1. Hälfte des 12. Jh.s – eventuell auch aus dem ausgehenden 11. Jh. – war nicht für M. bestimmt. Sie enthält eines der ältesten bislang bekannten Rupert-Offizien für dessen Fest am 27.3. Aus dem Ende des 14. Jh.s (1369) stammt ein anonymer „Tractatus de Musica“ und ein Tonarfragment wohl aus dem Umkreis der Prager Univ. (heute in Man. cart. 95). In dieser Zeit ist auch der Übergang von linienlosen Neumen zur gotischen Choralnotation anzusetzen. Das 15. Jh. ist eine Blütezeit für die Bibliothek, v. a. die Amtszeit von Abt Georg Liebenknecht (1440–72). Ob das Kloster 1434 wirklich die Melker Reform übernahm, ist fraglich. M. führte in deren Verlauf nicht – wie etwa St. Peter in Salzburg – die Quadratnotation ein, sondern blieb bei der gotischen Choralnotation. Aus dieser Periode stammen das prächtig ausgestattete Pergamentgraduale Man. perg. 2 (ca. 1452–58) und die liturgische Sammelhandschrift Man. cart. 86 (ca. 1435?), beide von der Hand des Schulmeisters Wenzeslaus Klokoter.
Eine der bedeutendsten mittelalterlichen Handschriften des heutigen Klosterbestandes, der Sammelcodex Man. cart. 1, stammt nicht aus M., sondern wurde von P. Laurentius Hauser aus dem Kloster St. Peter in Salzburg geschrieben (nicht vor 1499). Der Codex enthält ein großes Repertoire geistlicher Gesänge der Erzdiözese Salzburg und des Klosters St. Peter außerhalb des liturgischen Repertoires von Graduale und Antiphonale, darunter Prozessionsgesänge und Marienlieder, liturgische Gesänge der Melker Reform und zahlreiche deutsche Lieder (Kirchenlied). Beachtenswert sind die verschiedenen Notationsweisen: In der Regel Quadratnotation für Gesänge der Melker Reform, gotische Choralnotation für liturgische Gesänge aus dem diözesanen Bereich (gelegentlich stehen beide Versionen hintereinander) und für deutsche Gesänge. Ausnahmen sind etwa die Sublazenser Sonderoffizien für Benedikt, Scholastica und Placidus in gotischer Notation. Weiters enthält die Handschrift semimensurale Notation für rhythmisierte Gesänge, u. a. zahlreiche liturgische Hymnen (Hymnus), schließlich einige wenige mehrstimmige Nachträge, darunter ein vierstimmiges Ave vivens hostia.
Auch in der Neuzeit wurde auf die Musikausübung im Kloster Wert gelegt. Aus dem Jahr 1714 stammt das Musikinventar von P. E. Sengmüllner; es enthält gegen 650 Werke, v. a. Kompositionen des Salzburger Hofkapellmeisters H. I. F. Biber und dokumentiert das hohe Niveau der damaligen klösterlichen Musikkultur (Klosterkultur). Allerdings ist keines der angeführten Werke mehr vorhanden. Eine neue Entfaltung des musikalischen Lebens erfuhr das Kloster unter Abt Nikolaus Hofmann (1783–1803) v. a. durch den Freund J. M. Haydns, P. W. Rettensteiner. Er war der Initiator des Arnsdorfer Männergesangsquartettes (Männergesang) und dadurch vielleicht der eigentliche Urheber dieser von Haydn entwickelten Gattung. Auch war er an Haydns erster Biographie (Salzburg 1808) maßgeblich beteiligt. Das Kloster verdankt ihm zahlreiches Material von J. M. Haydn.
Erst im 13. Jh. lässt sich eine Konventschule nachweisen. 1613 gab es eine Sängerknabenschule („Konventschule“ bzw. „Singknaben-Institut“). Die Einrichtung bestand aus ca. fünf bis sieben Knaben von sechs bis elf Jahren. Einer seiner berühmtesten Schüler war A. Diabelli aus Mattsee. Ein handschriftliches Musikalieninventar aus dem Jahr 1824 lässt auf die große Vielfalt musikalischer Aktivitäten im Kloster schließen. Die Sängerknabenschule bestand 1931–38 und 1949–63 als Konventschule und wurde 1963 durch eine Privathauptschule mit Internat ersetzt. Enge Beziehungen gab es zwischen M. und der Salzburger Univ. Mitglieder des Konventes waren Professoren der Univ. und Verfasser von Schuldramen, die auch musikalische Szenen enthielten.
Der früheste Beleg für Orgel stammt aus dem Jahr 1447. Neue Orgeln entstanden unter Abt Johannes Süß (1576–80) und Abt Wolfgang Burger um 1585 (von Caspar Pockh?), 1618 (L. Rottenburger) auf der kleinen Empore oberhalb der Katharinenkapelle, dazu sind ein Positiv, ein Regal und 1736 ein neues Chorpositiv dokumentiert. Neubauten der Hauptorgel erfolgten 1891 durch Joh. Mauracher und 1998 durch Fa. Orgelbau Eisenbarth (Passau) mit 32 Registern auf 2 Manualen und Pedal.
Beiträge von St. Engels u. B. Koll in St. Engels/G. Walterskirchen (Hg.), [Kgr.-Ber.] Musica Sacra Mediaevalis. Geistliche Musik Salzburgs im Mittelalter, Salzburg 1996, 1998; Beiträge von G. Walterskirchen u. E. Hintermaier in N. Wagner (Hg.), Benediktinerabtei M. 1985; H. Federhofer in H. Hüschen (Hg.), [Fs.]Karl Gustav Fellerer zum 60. Geburtstag 1962; R. Federhofer-Königs in KmJb 46 (1962).