Für die nachfolgenden beiden Jahrzehnte fehlen archivalische Belege seiner Arbeit weitgehend; 1668/69 wurde er erneut, diesmal im Zusammenhang mit einer Anklage wegen Lektüre und Besitz „ketzerischer“ Schriften aktenkundig und in der Folge dieses Verfahrens für mehrere Monate inhaftiert, durfte jedoch in der Haft weiterarbeiten; die Erledigung von Aufträgen für das Kloster Rottenbuch/D sowie für die bischöfliche Hofkapelle zu Olmütz fallen in diese Zeit. Eine zeitweilige Bewusstseinsstörung 1675–80 und das Nachlassen seiner Produktivität im Alter führten zu einer materiellen Notlage in seinen letzten Lebensjahren.
Nach den erhaltenen Belegen zu urteilen, hat J. St. hauptsächlich Violinen (Geigen- und Lautenbau), Bratschen, Viole da gamba sowie kleinere (Bassette) und größere Kontrabässe gebaut; Violoncelli scheinen überwiegend im 18. und 19. Jh. aus Bassetten oder Gamben umgearbeitet worden zu sein. Sein Gambenmodell kombiniert englische Proportionierungen mit süddeutschen Corpora, die einige typische Elemente der da-braccio-Familie aufweisen. Sein typisches Geigenmodell zeichnet sich durch auffallend hohe Wölbungen mit ausgeprägter Hohlkehle und wenig hervortretenden Ecken aus und beeinflusste den gesamten Geigenbau im deutschsprachigen Raum und darüber hinaus. Der hierfür eingeführte Begriff „Tiroler Schule“ ist in diesem Sinne primär nicht als Herkunftsbezeichnung, sondern als Hinweis auf St.s Vorbildwirkung zu verstehen. Das Klangspektrum der Violinen St.s ist von „silbrig-flötenartigen“ Timbres mit hohem Verschmelzungsgrad geprägt und repräsentiert paradigmatisch die Klangästhetik der Violine des 17. und 18. Jh.s. Bis um die Mitte des 19. Jh.s überragte die materielle und ideelle Bewertung seiner Instrumente diejenige Cremoneser Herkunft um ein Vielfaches. Dies führte zu dem etwas zwiespältigen Nachruhm St.s als wohl meistgefälschter Geigenbauer der Geschichte. Die Produktion derartiger Nachahmungen oder Falsifikate mit Zettelimitaten setzte im 18. Jh. ein und führte zudem zur Erfindung fiktiver Schüler und Verwandter wie etwa des Geigenbauers „Markus Stainer in Kufstein.“ Die Wirkung und Verbreitung der St.-Imitationen reichen soweit, dass Zettelimitate noch in älteren Nachschlagewerken als echt abgebildet wurden. Eine Klärung dieser Sachverhalte zu echten und falsifizierten St.-Zetteln haben W. Senn und Karl Roy 1986 publiziert.
W. Salmen (Hg.), [Kgr.-Ber.] J. St. und seine Zeit. Innsbruck 1983 , 1984; W. Senn/K. Roy, J. St. 1986; NGroveD 24 (2001); Lütgendorff 1990; E. Tremmel in K. Drexel/M. Fink (Hg.), Musikgesch. Tirols 2 (2004).