Fortan galt es, das Niveau des Orchesters zu halten, um gegen die mit Dumpingpreisen konkurrierenden Militärkapellen (Militärmusik) reüssieren zu können: Einerseits erzwang er durch seinen autoritärer Führungsstil Disziplin und Perfektion in der Ausführung, andererseits konzentrierte er sich vermehrt auf Gastspiele in- und außerhalb der Donaumonarchie; erste Erfahrungen in effizienter Organisation derartiger Geschäfte hatte er 1865 in Pawlowsk unter der Obhut seines Bruders Johann gemacht. Seine Kompromisslosigkeit führte wiederholt zu Schwierigkeiten mit Musikern: So protestierten 1878 41 Musiker gegen ein halbjähriges Gastspiel in Deutschland und Schweden. Nach ihrer Kündigung warb sie C. M. Ziehrer für seine Kapelle an und trat als Frühere Kapelle Eduard St. vor die Öffentlichkeit; die Verwendung des Namens wurde dem Konkurrenten schließlich gerichtlich untersagt. Zu den wichtigsten Tourneen zählten jene nach London (1885), durch die USA (1890) oder nach St. Petersburg/RUS (1894). In Wien betreute er die noch von Johann ausgehandelten Sonntag-Nachmittagkonzerte im Musikverein. Dass man trotz seines langjährigen Wirkens den Namen St. stets mit seinem Bruder Johann assoziierte, manifestierte sich einmal mehr in der Adressierung der Einladung zur Verleihung der Großen Österreichischen Goldenen Salvator-Medaille, wo „Johann St.“ zu lesen stand. Folglich verfasste er zur Image-Korrektur seine Memoiren (1906). Einem geplanten Karriereende um 1895 kamen finanzielle Probleme – bedingt durch den Lebensstil seiner Söhne – zuvor, weitere Konzertreisen führten ihn daher nach London (1895, 1897), Deutschland und Holland (1898, 1899, 1900) sowie neuerlich in die USA. Unstimmigkeiten mit den Musikern ließen ihn am 13.2.1901 die Kapelle auflösen. In Wien sistierte er seine Position als K. k. Hofballmusikdirektor und legte seine Dirigiertätigkeit im Musikverein zurück. Einem Abkommen (1869) mit seinem Bruder Josef folgend und aus Furcht vor Bereicherung der Nachwelt am St.’schen Gedankengut, vernichtete er den gesamten Notenbestand der Familie, indem er am 22.10.1907 die Brennöfen einer Fabrik in Wien-Mariahilf in seinem Beisein damit beheizen ließ. Alle Versuche des Firmeninhabers, ihn von diesem Schritt abzubringen, schlugen fehl; letzte Reste verfeuerte er in einer Fabrik in der Wiener Porzellangasse (Wien IX). Am 28.12.1916 erlag er in Anwesenheit der Haushälterin einem Herzinfarkt. Er wurde auf seinen Wunsch in der Uniform des Hofballmusikdirektors unter Beisein zahlreicher Trauergäste in einem Ehrengrab auf dem Wiener Zentralfriedhof bestattet.
318 Kompositionen; zahlreiche Potpourris (280 publiziert); Schnell-Polka Bahn frei! op. 45, Fesche Geister op. 75, Doctrinen op. 79, Liebeszauber op. 84, Kaiser Franz-Josef-Jubiläums-Marsch op. 109, Studentenball-Tänze op. 101, Aus dem Rechtsleben op. 126, Knall und Fall op. 132.